| Einzugsgebiet | Seefläche | Maximale Tiefe | Seepegel | Wasseraufenthaltszeit |
| 67.8 km2 | 5.2 km2 | 66 m | 463 m.ü.M. | 4.2 Jahre |
Der Baldegger- und Hallwilersee bilden die Hauptgewässer des Seetals. Dank der Bemühungen der letzten Jahre in Natur- und Gewässerschutz und Dank der zurückhaltenden Nutzung der Seeufer gelten die beiden Seen als Naturoasen. Für die Gesundung der beiden Seen arbeiten die Kantone LU und AG mit dem Gemeindeverband Baldegger- und Hallwilersee eng zusammen.
Mit dem wirtschaftlichen Aufschwung des Regionalzentrums Hochdorf bereits vor über hundert Jahren erhöhte sich der Eintrag von ungereinigten Siedlungs- und Industrieabwässer in den Baldeggersee. In den 50er-Jahren des letzten Jahrhunderts konnte im Tiefenwasser kaum mehr Sauerstoff nachgewiesen werden. In den 60er-Jahren setzte zusätzlich die Belastung mit Düngstoffen aus der intensiv betriebenen Landwirtschaft ein. Der Phosphorgehalt erreichte um 1975 mit 520 mg P/m3 einen für das schweizerische Mittelland einsamen Maximalwert. Als Folge davon traten verschiedentlich Fischsterben auf. Seit 1982 wird der Baldeggersee belüftet. Die Phosphorkonzentration im See entspricht heute dem Zielwert (unter 30 mg P/l), die Sauerstoffverhältnisse im Tiefenwasser sind noch ungenügend. Wie beim Sempachersee werden die Bemühungen zur Reduktion der P-Belastung mit einem Phosphorprojekt in der Landwirtschaft unterstützt.
Zusammen mit dem Hallwilersee ist der Baldeggersee im Bundesinventar der Landschaften und Naturdenkmäler von nationaler Bedeutung aufgeführt ( BLN Objekt Nr. 1304 ). Teilflächen des Sees und der Ufer stehen unter Naturschutz. Grundeigentümer des Sees und Verfechter der Naturschutzanliegen ist die Pro Natura . Sie engagiert sich auch stark bei der Pflege der ausgedehnten Naturschutzzonen.
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